Sideløbende med sit virke som dirigent og komponist har Michael Bojesen gennem årtier arbejdet med ledelse og iværksætteri. Under hans ledelse opbyggedes DR Korskolen, og som direktør for Copenhagen Opera Festival 2013–2016, voksede festivalen markant og tiltrak både kunstnere og publikum fra hele verden.
I perioden 2017–2022 var Michael Bojesen administrativ og kunstnerisk chef for Malmö Opera, hvor han gennemførte en ny strategi og med sine kunstneriske visioner opnåede stor anerkendelse og publikumsinteresse for produktionerne under hans ledelse.
Michael Bojesen har besiddet mange bestyrelsesposter, ikke mindst som udpeget bestyrelsesleder i Statens Kunstfond 2018–2021, hvor han stod i spidsen for fondens re-branding og nye ideer om fondens relevans for alle danskere.
I dag bruger han denne erfaring som konsulent og sparringspartner for ledere på alle niveauer.
Det danske institut i Rom 2020–2022 Svensk Scenkonst 2020–2022 Kunstmuseet Arken 2019–2022 Statens Kunstfond 2017–2021 Reumertjuryen 2014–2017 Da Capo 2010–2016 Den jyske sangskole 2008–2014